W 1570 roku Krzysztof Głowa z Nowosielec herbu „Jelita” założył nad rzeką Szlachciną miasto, które od swego nazwiska nazwał Głowów. Na przestrzeni dziejów nazwa miasta uległa modyfikacji aż do obecnie obowiązującej urzędowej nazwy Głogów Małopolski. Kościół drewniany pw. Trójcy Przenajświętszej i św. Jana Chrzciciela wybudował Mikołaj Spytek Ligęza i ufundował parafię 9.03.1606 roku, którą erygował 2.07.1606 roku biskup krakowski Bernard Maciejowski. Pierwszym proboszczem został ksiądz Łukasz Matjaszowski. Konsekracji świątyni dokonał 20.04.1630 roku biskup krakowski Tomasz Oborski. Parafia należała wówczas do diecezji krakowskiej. Prawo patronatu należało do właścicieli miasta. Na przełomie XVII i XVIII wieku Kasper Jelita Makowski ufundował na Piasku kościół drewniany pw. Matki Bożej Śnieżnej. W nim znajdował się łaskami słynący obraz Matki Bożej Głogowskiej, uznany za cudowny (imago miraculosa) przez komisję diecezjalną diecezji krakowskiej. Fakt ten odnotowany został w aktach wizytacji generalnej z 1721 roku.
Urszula Lubomirska z Branickich, wdowa po Janie Kazimierzu Lubomirskim, wybudowała murowany kościół pw. św. Wincentego à Paulo i św. Urszuli oraz zabudowania klasztorne i sprowadziła do Głogowa księży misjonarzy ze zgromadzenia św. Wincentego à Paulo. Kościół ten spełniał funkcję kościoła parafialnego do roku 1782, przeniesiony został również do niego łaskami słynący obraz Matki Bożej Głogowskiej.
Po kasacie zakonów w roku 1782 msze święte oraz nabożeństwa odprawiano w starym drewnianym kościele pamiętającym czasy Mikołaja Spytka Ligęzy, który ponownie zaczął pełnić funkcję kościoła parafialnego i do niego przeniesiono również obraz Matki Bożej Głogowskiej.
Komitet Kościelny 26.04.1876 roku podjął uchwałę o rozpoczęciu budowy nowej murowanej świątyni, która trwała do roku 1881. W mury nowo powstającej świątyni wmurowano 29.07.1879 roku kamień węgielny. Konsekracji świątyni pw. Trójcy Przenajświętszej dokonał biskup przemyski Karol Józef Fischer dnia 25.06.1905 roku.
10.07.1932 ksiądz proboszcz Jakub Forysiewicz sprowadził do Głogowa siostry ze zgromadzenia świętego Michała Archanioła. Prowadziły one ochronkę dla małych dzieci, a z czasem katechizowały i posługiwały w kościele parafialnym.
Z parafii farnej wydzielone zostały: parafia pw. św. Michała Archanioła w Stykowie, którą erygował 18.08.2003 roku biskup Kazimierz Górny oraz parafia pw. św. Józefa w Głogowie Małopolskim na osiedlu Niwa, erygowana 15.08.2006 roku przez biskupa Kazimierza Górnego.
Kościół farny w 2010 roku został rozbudowany o dwie boczne nawy.
Dekretem biskupa Kazimierza Górnego z dnia 26.02.2012 roku zostało erygowane Sanktuarium Matki Bożej Głogowskiej przy Kościele Trójcy Przenajświętszej w Głogowie Małopolskim. Sanktuarium to jako szczególne miejsce kultu i uzyskiwania Bożych łask cieszy się przywilejem możliwości uzyskania odpustu zupełnego przez wiernych, którzy w następujących przypadkach nawiedzą to święte miejsce i odmówią pobożnie Ojcze nasz i Wierzę w Boga: w uroczystość tytułu; raz w roku, w dzień wybrany przez wiernego; ilekroć biorą udział w pielgrzymkach organizowanych grupowo.
